До конца эпохи Эдо (1603-1867) современная Ниигата была разделена на две части Эчиго и Садо. Процветание портов в этом регионе было обусловлено тесными экономическими связями с северозападной (Тохоку) и южной (Кансай, Осака) частями Японии, торговые пути пролегали по морю и назывались Китамаебуне.

В 1858 году по соглашению между Японией и США порт Ниигата был открыт и стал главным торговым портом на западном побережье. Среди первых стран открывших свои консульства в Ниигате были Соединенные Шаты, Великобритания и Нидерланды.

По окончании эпохи Эдо новое правительство Японии упразнило старое деление Японии на феодальные княжества и с 1871 года вводилось новое деление на префектуры. Ниигата обрела свои границы и статус префектуры в 1876 году.

Интересным местом являются золотые копи Садо (о-в Садо), обнаруженные в 16-м веке. До закрытия в 1989 году там было добыто в общей сложности 78 тонн золота, что послужило поддержкой финансов правительства Эдо.